Matthias Grünert wurde 1973 in Nürnberg geboren. Nach dem Abitur studierte er Kirchenmusik A, Gesang und Konzertfach Orgel an der Kirchenmusikhochschule in Bayreuth und an der Musikhochschule in Lübeck. Nach dem A-Studium schloß sich das Solistenexamen im Fach Orgel bei Prof. KMD Hartmut Rohmeyer an der Musikhochschule Lübeck an. Meisterkurse bei F. Tagliavini, J. Laukvik, M. Radulescu u.a. ergänzten seine Studien.
Während des Studiums war er Assistent am Lübecker Dom und Kirchenmusiker an St. Petri im Luftkurort Bosau. Dort organisierte er die Konzertreihe Bosauer Sommerkonzerte, die sich unter seiner Leitung zum regional beliebten Zyklus entwickelte.

2000 bis 2004 hatte er das Amt des Stadt- und Kreiskantors an St. Marien in Greiz inne, führte an der dortigen Stadtkirche 2003 das gesamte Orgelwerk Bachs auf und initiierte die Greizer Bachwoche. 2004 wurde er als erster Kantor der Dresdner Frauenkirche berufen und trat dieses Amt am 1. Januar 2005 an. Seitdem ist der künstlerisch verantwortlich für alle kirchenmusikalischen Veranstaltungen an der Frauenkirche. Er gründete einen großen Chor mit 120 Sängerinnen und Sängern und den Kammerchor der Frauenkirche. Regelmäßig gestalten die Chöre Gottesdienste, Geistliche Sonntagsmusiken und Konzerte in der Frauenkirche aus. Mit dem Kammerchor unternahm er bereits erste Konzertreisen, die ihn nach Frankreich, Italien und Japan führten. Er ist Preisträger verschiedener Orgelwettbewerbe, u. a. dem Internationalen Wettbewerb für Kirchenmusikerinnen und Kirchenmusiker 2000. Viele Konzerte als Organist, Dirigent und Cembalist im In- und Ausland prägen seine künstlerische Tätigkeit als Musiker. Mit seiner CD "Vom Himmel hoch" aus der Frauenkirche – im November 2006 erschienen – präsentiert er seinen Kammerchor, das von ihm gegründete ensemble frauenkirche und die Kernorgel der Frauenkirche Dresden.
Zahlreiche CD-, Fernseh- und Rundfunk-Aufnahmen dokumentieren sein musikalisches Wirken.